בתחילת 2008 זכה בפרס על מפעל חיים למלחין בתחום הזמר העברי על שם נעמי שמר מטעם אקו"ם.
בנימוקי השופטים למתן הפרס נכתב בין השאר:
"יצחק קלפטר הינו מוזיקאי מחונן שכותב רק מהלב. הוא יוצר שלא רדף מעולם אחר אופנות.
לחניו מאוד פשוטים, מקוריים ומרגשים. הם על גבול הנאיביות.
זה למעשה כל הקסם כי רק דרך הנאיביות ניתן לחדור באמת ללבם של אנשים.
הגיטרה של קלפטר נשמעת ממש כמו אדם ששר.
הוא אמן בלוז אמיתי ויצירותיו לא ממצות עצמן לעולם.
כל שיר שלו אפשר לשמוע שוב ושוב ולהנות בכל פעם מחדש".
הציור המקורי של עטיפת האלבום "יצחק" בביתו של יצחק. ציור: יוסי אורבך
הציור המקורי של עטיפת האלבום "מחזיק מעמד" בביתו של יצחק. ציירה איילה באר